將化學探針與高通量測序相結合，就形成了一種靈活的方法可以揭示與細胞功能相關的RNA結構的作用機制。科學家們采用各種化學探針，這些每種化學探針都能報告RNA分子的不同特征，通過通用的工具包就可以研究體內和體外RNA結構以及與其他分子的相互作用了。Cell雜志“RNA Structure Probing Technologies”介紹了相關的研究

將化學探針與高通量測序相結合，就形成了一種靈活的方法可以揭示與細胞功能相關的RNA結構的作用機制。科學家們采用各種化學探針，這些每種化學探針都能報告RNA分子的不同特征，通過通用的工具包就可以研究體內和體外RNA結構以及與其他分子的相互作用了。Cell雜志“RNA Structure Probing Technologies”介紹了相關的研究成果。

超靈敏RNA二級結構預測工具

RNA與DNA指揮生命體生產所需蛋白，DNA包含遺傳信息，RNA將信息的編碼指令傳遞給細胞內的蛋白質制造點。

DNA主要是完全堿基配對的雙螺旋結構，相對DNA二級結構，RNA序列形成的結構更復雜。RNA互補堿基對形成的保守二級結構有時甚至比序列本身重要。RNA二級結構類型包括單鏈RNA、配對的雙鏈RNA螺旋、莖環或發卡、內飾環、突環和接觸或多環等。現有的RNA二級結構預測工具不能準確地發現和描述假結（pseudoknot）、相吻發卡（kissing hairpin）和發卡-突環接觸（hairpin）等結構。

這款名為“bpRNA”的軟件是一款強大的RNA二級結構的大數據注釋工具。它能解析RNA結構，包括復雜的假節。所以你zui終將得到一個客觀的、精que的、容易理解的，以及包括所有莖、環和假結信息的描述，還可以得到每個結構的定位、序列和側翼堿基對。它將方便大規模地研究RNA結構。

RNA二級結構的新技術：SHAPE

RNA在生物學系統中有著舉足輕重的作用，它不僅將DNA的遺傳信息傳遞給蛋白，還調控了各種生物學過程。單鏈RNA就像一條膠帶，可以折疊起來通過堿基互補配對形成二級結構，這樣的3D結構決定著RNA的功能。

用于結構分析的傳統技術（比如X射線晶體衍射）一般比較麻煩，“而且一次只能用于一個RNA，”斯坦福大學的Howard Chang教授說。

為了同時研究多個RNA的二級結構，人們想到用化學修飾來區分未配對的核苷酸。通過RNA測序分析RNA的堿基修飾模式（即堿基配對狀態），就可以知道RNA分子是如何折疊的。不過，這類全轉錄組分析技術還存在較大的局限：要么只能靶標四種核苷酸中的兩個，要么只能用于體外研究。

Chang教授及其同事次開發了可以在活細胞中分析RNA二級結構的新技術，SHAPE（selective 2'-hydroxyl acylation and profiling experiment）。

SHAPE分析先是用NAI-N3修飾未配對的核苷酸，然后讓生物素與NAI-N3結合，通過鏈霉親和素磁珠回收修飾過的RNA。將這些RNA切割成小片段進行測序，可以揭示哪些核苷酸被修飾（也就是未配對），哪些核苷酸未被修飾（也就是配對或者結合蛋白）。