所謂實時熒光定量PCR技術，是指在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

一、檢測方法：

1.SYBRGreenⅠ法：

在PCR反應體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料特異性地摻入DNA雙鏈后，發射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加同步。

2.TaqMan探針法：

探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物的形成*同步。

二、通用原則：

1，先選擇好探針，然后設計引物使其盡可能的靠近于探針。

2， 擴增子的長度應不超過400bp，理想的能在100－150bp內，擴增片斷約短，有效的擴增反應就越容易獲得。較短的擴增片斷也容易保證分析的一致性

3， 保持GC含量在20％和80％之間，GC富含區容易產生非特異反應，從而會導致擴增效率的降低，及在SG分析中非特異信號。

4， 為了保證效率和重復性，應避免重復的核苷酸序列，尤其是G（不能有4個連續的G）

5， 將引物和探針互相進行配對檢測，以避免二聚體和發卡結構的形成。

b），探針設計指導

1，在設計引物之前設計探針

2，探針的Tm值應在68－70℃之間，如果是目測探針，則要仔細審查GC富含區。

3，探針的5’端要避免有鳥氨酸，5’G會有淬滅作用，即使被切割下來這種淬滅作用也還會存在

4，選擇C多于G的鏈作探針，G的含量多于C會降低反應效率，這時就應選擇配對的另一條鏈作為探針。

6， 探針應盡可能的短，不要超過30個bp。

7， 檢測探針的DNA折疊和二級結構。