根據免疫耐受發生機制的多樣性，對Ⅰ型變態反應患者誘導免疫耐受的可能途徑是通過B克隆清除或主動抑制。處理的方法有注射表面高密度多聚耐受原、變性蛋白抗原或脫敏療法等。
自身免疫病的發生至今認為主要與自身耐受的破壞有關，去除導致耐受破壞的因素，當然有利于對自身免疫病的防治。
現代醫學雖然已將古人幻想的器官移植變為現實，但同種異體免疫排斥現象仍是器官移植中主要存在的問題。免疫抑制療法上的進步有利于延長移植物存活，但非特異抑制所帶來的副作用仍有待解決。若能將特異抑制（免疫耐受）成功地應用于臨應，收到較好的效果，無疑是在此領域中的重大突破。
免疫耐受的臨床意義在麻風及慢性粘膜皮膚念珠菌病患者中，若體內出現良好的細胞免疫應答，雖抗體生成低下或甚至缺如，臨床預后仍良好，并常伴隨有效的防御性免疫。反之，如細胞免疫水平低下，抗體效價雖高，而預后較差，多呈進行性感染。這種分離耐受現象對感染性疾病的預后有重要影響。乙型肝炎病毒攜帶者伴有輕微的肝炎病變，可能與新生期發生感染而使機體對病毒產生部分耐受性有關。
在對腫瘤患者的免疫治療中，解除患者的免疫耐受狀態也是一項有意義的措施。近年，美國兩家實驗室報導將一種協同刺激因子B7的基因轉染黑色素瘤細胞，并用這種轉染細胞進行防治黑色素瘤的實驗性研究，獲得可喜的成功。為這一領域的研究開闊了新的途徑。
